氫氣壓縮機及其輔佐體系的保護措施首要包括：設備地點的區域屬于含氫區域，所用電氣設備和儀器的防爆等級應與此兼容。循環氫氣壓縮機的軸端密封件是運行的要害，也是一個常常產生機械故障的地方。面部密封件的挑選應合適其工作條件。關于進口壓力高于12.0MPa的壓縮機，應先挑選油膜密封；在進氣壓力為12.0MPa以下時，可根據實際情況運用干氣密封。入口壓力低于8.0MPa時可以考慮運用機械密封。

　　正確挑選壓縮機的輔佐體系，如人口過濾器，級間氣液別離罐，級間冷卻器，進出口緩沖罐，光滑和冷卻體系等，以保證正常出產的操作。在方案階段，往復式壓縮機須對管道體系的管道感覺進行模擬分析，以挑選合適的緩沖罐，孔板管道長度以及體系中的重要組件，例如冷卻器和別離器。光滑油體系的主油泵須配備一個泵，而且原動機應由一蒸汽和一電動來驅動。蒸汽泵正常運行，電動泵是備用的。密封油高位油箱的液位高度操控密封油的壓力。

　　設備的高度應由制造商的規矩確定。在設備規劃和保護期間，不能隨意更改。低壓光滑油停機聯鎖應設置為兩個。高液位罐，油氣別離器和脫氣罐的低液位警報和低液位停機應具有自己的液位開關。防喘振操控設置為通過自動操控將一部分氣體從出口返回到進氣，以保證進氣流量大于喘振值。氫氣壓縮機的常見技術問題如下：氣體帶著固體顆粒，導致濾網堵塞，而且氣閥和氣缸套損壞。介質帶著液體，這會影響氣缸的光滑，甚至會損壞氣閥或產生液體撞擊事故。